疫情期间被公司扣了工资未按时发的处理办法是：与公司协商；向调解组织申请调解；向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；直接向人民法院请求支付令；向劳动行政部门投诉；对劳动仲裁裁决不服，向人民法院提起诉讼；其他。疫情期间被公司扣了工资未按时发怎么处理的法律依据

《劳动争议调解仲裁法》第五条

发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。

《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》：第一章　总则　　第五条　【劳动争议处理的基本程序】发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。