轻伤案件已经在派出所调解的，检察院仍可以起诉。

根据《刑事诉讼法》的规定，对于轻伤案件，可以由公安机关组织双方当事人进行和解，达成和解协议并取得被害人谅解的，可以由法院予以从宽处理；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，检察院也可以作出不起诉的决定。

所以，轻伤案件在公安机关达成和解协议后，检察院根据案件具体情况，仍是可以向法院提起公诉的。

法律规定

《刑事诉讼法》第二百八十八条下列公诉案件，犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪，通过向被害人赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解，被害人自愿和解的，双方当事人可以和解：

(一)因民间纠纷引起，涉嫌刑法分则第四章、第五章规定的犯罪案件，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的；

(二)除渎职犯罪以外的可能判处七年有期徒刑以下刑罚的过失犯罪案件。

犯罪嫌疑人、被告人在五年以内曾经故意犯罪的，不适用本章规定的程序。

第二百八十九条双方当事人和解的，公安机关、人民检察院、人民法院应当听取当事人和其他有关人员的意见，对和解的自愿性、合法性进行审查，并主持制作和解协议书。

第二百九十条对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。人民法院可以依法对被告人从宽处罚。