一、国家安全机关侦办哪些案件

国家安全机关侦办危害国家安全犯罪的案件以及危害祖国统一案件。我国刑事诉讼法中的管辖，是指公安机关、人民检察院和人民法院等依照法律规定立案受理刑事案件以及人民法院系统内审判第一审刑事案件的分工制度。

公安机关立案侦查的案件，由犯罪地的公安机关立案侦查，如果由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖更为适宜的，可以由犯罪嫌疑人居住地的公安机关管辖。跨地区系列盗窃、抢劫机动车案件，由最初受理的公安机关立案侦查；必要时，可由主要犯罪地公安机关立案侦查，或者由上级公安机关指定立案侦查。旅客列车上发生的刑事案件，由负责该车乘务的乘警队所属的铁路公安机关立案侦查。

二、国家安全机关与公安机关的区别

中国的国家安全工作原统由公安机关负责。1988年6月第六届全国人民代表大会第一次会议决定，专门设立中华人民共和国国家安全部，主管原由公安机关承担的间谍、特务案件的侦查工作，是国家公安机关性质，属于国务院的组织领导体系。

国家安全机关与公安机关的分工是：前者主要是对外，后者主要是对内，互相结合，组成一个完整的保卫国家安全和社会治安的安全体系。国家安全机关可以行使宪法和法律规定的公安机关的侦查、拘留和执行逮捕的职权。

三、国家安全机关的职责

国家安全机关的主要任务是：掌管反间谍工作和其他有关国家安全工作，开展隐蔽战线的斗争，保卫促进改革开放和社会主义现代化建设，促进祖国统一大业，加强人民民主专政。维护政治稳定，保障国家安全。