危害国家安全的刑事案件一般由发案地的市级国家安全机关负责侦查；案件的检察、批准逮捕、提起公诉由其发案地的市级人民检察院负责；审判由发案地的中级人民法院负责。

在未设立国家安全机关行政区域内发生的危害国家安全的刑事案件，由省国家安全厅指定其他市级国家安全局负责侦查；批准逮捕、提起公诉由侦查机关所在地的市级人民检察院负责；审判由侦查机关所在地的中级人民法院管辖。

各地国家安全机关在侦查中发现其所办案件需要指定管辖或者移送管辖的，应当书面报告，由省国家安全厅商省高级人民法院、省人民检察院决定。

一、什么是危害国家安全罪

根据我国《刑法》规定，危害国家安全罪是指危害国家主权、领土完整和安全，分裂国家、颠覆人民民主专政的政权和推翻社会主义制度的行为。危害国家安全罪是一个概括性罪名，是对各种危害国家安全的犯罪行为共同特征的概括。

犯罪侵犯的客体是中华人民共和国的国家安全。国家安全，是指国家赖以生存和发展的政治基础和物质基础的安全。具体是指国家的独立、国家的团结统一、国家的领土完整和安全、国家政权、基本制度及国家的其他根本利益的安全。

法律依据：《中华人民共和国刑法》第一百零二条

勾结外国，危害中华人民共和国的主权、领土完整和安全的，处无期徒刑或者十年以上有期徒刑。

与境外机构、组织、个人相勾结，犯前款罪的，依照前款的规定处罚。

《中华人民共和国刑法》第一百零三条

组织、策划、实施分裂国家、破坏国家统一的，对首要分子或者罪行重大的，处无期徒刑或者十年以上有期徒刑；对积极参加的，处三年以上十年以下有期徒刑；对其他参加的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。

二、危害国家安全的行为有哪些

根据《中华人民共和国国家安全法》规定，危害国家安全的行为有以下五个方面：

一是阴谋颠覆政府、分裂国家、推翻社会主义制度的；

二是参加间谍组织或者接受间谍组织及其代理人任务的；

三是窃取、刺探、收买、非法提供国家秘密的；

四是策动、勾引、收买国家工作人员叛变的；

五是进行危害国家安全的其他破坏活动的。

1、组织、策划或者实施危害国家安全的恐怖活动的；

2、捏造、歪曲事实，发表、散布文字或者言论，或者制作、传播音像制品，危害国家安全的；

3、利用设立社会团体或者企业、事业组织，进行危害国家安全活动的；

4、利用宗教进行危害国家安全活动的；

5、制造民族纠纷，煽动民族分裂，危害国家安全的；

6、境外个人违反有关规定，不听劝阻，擅自会见境内有危害国家安全行为或者有危害国家安全行为重大嫌疑的人员的。