对于破产企业房屋产权的确认，原则上应以房屋权属管理部门的产权登记为认定依据。但对于房屋产权权属不明晰的，应根据历史情况和查明的事实综合考虑，按以下原则认定：

1．历史上由国家划拨或拨款给破产企业购建的房产，企业长期经营管理、占有和使用的，视为企业财产，应纳入破产财产清算与分配；

2．房产虽为上级单位所有，但其上级单位已将房产作为其投资的一部分，投资到该破产企业的，该房产应纳入破产财产清算与分配；

3．破产企业自有资金购建的房产，属企业财产的一部分，虽历史上登记为其上级单位的名下，仍应纳入破产财产；

4．房产虽被企业长期占有、使用，但属于上级单位无偿借用的，不应列入破产财产。