（1）内部控制体系审计。现代内部控制制度不仅适用于手工信息系统，也适用于计算机化系统；不仅适用于企业，也适用于事业单位和政府部门。任何单位要进行规范有效的管理，必须完善和实施内部控制制度。内部控制制度的建立和实施既是管理者的责任，也是单位领导的责任。在对事业单位党政领导人员经济责任审计时，首先要了解被审计领导人员是否有健全的内控制度，内控制度是否得到很好的落实，组织设置、岗位设置、职责分工等情况，人员定位、业务处理、操作程序、资产管理、收支程序是否符合内部控制制度，是否存在管理混乱、亏损浪费、失控或控制不严导致的差错和舞弊。事业单位内部控制制度审计的内容主要包括管理控制和社会控制两个方面。（2）财务收支活动是否真实合法。

根据我国大多数事业单位的管理现状，在审计事业单位财务收支活动时，在对内部控制制度进行全面审计的基础上，重点了解会计控制制度的建立和实施情况，即首先要了解被审计单位是否有健全的会计机构和会计制度，是否有必要的会计制度和会计管理规定，是否有完善的账簿制度和会计报告制度，是否有内部审计或内部审计机构，是否有专门人员进行复核和复核。

其次，检查各项业务（包括会计业务处理）是否有健全的操作程序和规定的程序，特别是经济收支程序中是否执行了不相容的职责分离原则，是否有一个部门或个人承担重要经济收支的全过程。

第三，检查财务及财务收支业务处理是否符合制度规定，是否存在不按制度规定或绕过控制的现象。第四，检查会计记录是否真实、完整地反映了经济收支，所记录的收支是否合理、合法，是否有真实、可靠的原始数据作为依据。五是检查财政补助收入是否按国家规定和预算水平反映；收费是否报批并按核定标准执行；事业性收费和经营性服务收入是否分别核算；财政专户未来费用收入是否按规定缴存，是否有挪用资金的行为；营业服务收入是否按税法规定缴纳各项税费；收入是否按规定全部记入各项收入账户；是否有无用的“应付账款”账户截留收入或私设金库。

第六，检查支出是否真实，是否有真实合法的原始凭证作为依据，是否有证据支付或白条支付；特殊用途的费用是否按规定用途使用，是否存在向员工滥用职权等问题，违规建房或买车，结余是否真实反映；对于支出中发现的异常现象，要重点查清，并根据是否真实、合理、合法进行处理。（3）资产负债是否真实、完整。

目前，我国许多事业单位存在家庭背景不清、收支不清的问题。很多事业单位的主要负责人不知道自己管理了多少资产、债权债务，使用的资金来源和支出去向。对事业单位党政领导人员经济责任审计，要摸清党政领导工作单位资产负债的真实性和完整性。（四）主要经济指标完成情况审计。

事业单位各项活动的资金来源主要有：财政补贴收入、专项资金收入、事业单位收入、营业收入和其他收入。事业单位领导干部的经济责任，就是管好、用好国家拨付的或者自己组织收入所得的资金。事业单位领导干部经济责任审计指标主要包括：资产增长率、资产保值增值率、资产负债率、资金自给率、人员支出率、公共支出率、业务支出率，人均支出率（包括人均支出率、个人支出率、人均公共支出率）、收支平衡率、收入增长率和专项资金、黄金储备增长率、资产创造率、计划完成率、招待费支出率、投资回报率违法金额和财务处理错误率。

事业单位种类繁多，工作性质和任务范围也存在差异。除上述一般性指标外，能够反映事业单位领导干部经济责任的审计指标更具行业特色。（5）对遵守金融法律和纪律的审计。

财政法纪审计应以财政收支的真实性、合法性和有效性为载体。在审计中，发现财务收支不实，存在财务违法违纪行为的，应当认真核实，并根据审计结果提出相应的处理意见和建议。构成犯罪的，移送司法部门，依法追究刑事责任；一般违反财经法纪的，依照国家法律法规作出决定和审计建议。（六）个人收入审计和廉洁自律。