公司法人借款加盖公章的依据是，法人代表借款后，加盖公司公章的，视为公司对外举债，由公司承担还款责任。

借款协议属于合同的性质，在借款协议上，可以加盖合同专用单，也可以加盖单位公章。

《民法典》第六十一条

依照法律或者法人章程的规定，代表法人从事民事活动的负责人，为法人的法定代表人。法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。法人章程或者法人权力机构对法定代表人代表权的限制，不得对抗善意相对人。