1、办理程序不明确。虽然对人民法院和公安机关办理程序有了具体的规定，但是对监狱如何办理该类案需要作更加详细地的规定。如监狱如何提请，需要经过哪些程序，包括对符合暂予监外执行不计入执行刑期情形的，罪犯决定收监后收监前，罪犯刑满日期已到，是否办理刑满释放手续等。

2、审理程序不明确。监狱或公安机关向人民法院提请不计入执行刑期的建议书，人民法院应该由哪个部门审核裁定，没有作具体规定。由于没有具体规定，导致工作中出现无法实施，其表现为部分人认为人民法院决定暂予监外执行的，是由刑事审判庭决定的，应该由刑事审判庭审核裁定；但是部分人认为按照办理减刑假释案件的分工，对不计入执行刑期的审核裁定，也应该由审判监督庭来审核裁定；同时，在对职务犯罪等的减刑假释案件需要开庭审理的情况下，人民法院裁定不计入执行刑期的此类案件，需不需要开庭审理等等。

3、启动时间不一致。根据《刑事诉讼法实施规定》、《暂予监外执行规定》的规定，在人民法院决定予以收监的同时，确定不计入刑期的期间；在监狱、公安机关对罪犯被收监后，由监狱、看守所提请不计入执行刑期的建议，报请中级人民法院审核裁定。故，人民法院是在决定的同时，就进行确定，而监狱、看守所是在罪犯被收监后，才提请建议，其启动的时间显然规定不一致。

4、法定情形不全面。《刑事诉讼法》虽然规定了两类不计入执行刑期的情形，但是缺乏“其他违法情形”等的规定，从而不能函盖需要不计入执行刑期的所有情形。如对于暂予监外执行期间脱逃的，在下达收监决定后，没能够及时抓获收监的，即使已到刑满日期的，是否能够办理刑满释放手续；又如对在暂予监外执行期间又犯罪的，暂予监外执行期间计不计入执行刑期等等，都没有作出明确规定。

5、刑期期间不明确。现行法律虽然规定了人民法院对暂予监外执行的裁定权，但是仅仅只是原则上规定了“确定不计入执行刑期的具体时间”，而没有明确规定了刑期起止时间如何计算等。如对在暂予监外执行期间又犯罪的，暂予监外执行期间的起止日如何计算；又如脱逃的起止日究竟是从未经司法行政机关批准擅自离开之日，还是从住地县级司法行政机关向批准、决定机关提出收监执行的建议之日，还是从批准、决定机关作出收监决定之日，还是从社区矫正机关通知公安机关追捕之日起算等等。

6、匹配程序不明确。人民法院裁定不计入执行刑期的裁定书，什么时间送达、何时生效、送达哪些机关和个人等相关的匹配程序都没有作出具体的规定。需要注意的是，在暂予监外执行期间又犯罪的，监外执行期间不计入执行刑期，没有规定。因此，对于罪犯在暂予监外执行期间违法犯罪的，暂予监外执行期间能否折抵刑期这一问题，有待解决。