行政机关在行政诉讼时候，在理论上以及地方的实践案例中可以做原告。行政诉讼是个人、法人或其他组织认为行政主体以及法律法规授权的组织作出的行政行为侵犯其合法权益而向法院提起的诉讼。行政诉讼是诉讼的一种有效方法。行政诉讼法是规范行政诉讼活动和诉讼法律关系的法律规范的总称。它是规定法院、诉讼当事人以及其他诉讼参与人进行诉讼活动，及其在诉讼活动中形成的诉讼法律关系的法律规范。行政诉讼是一种诉讼程序法，主要是确定诉讼参加人的法律地位和相互关系的法律规范。

一、怎么处理农村征地补偿纠纷

1、征地纠纷行政复议

行政复议：是指公民、法人或者其他组织不服行政主体作出的具体行政行为，认为行政主体的具体行政行为侵犯了其合法权益，依法向法定的行政复议机关提出复议申请，行政复议机关依法对该具体行政行为进行合法性、适当性审查，并作出行政复议决定的行政行为。是公民，法人或其他组织通过行政救济途径解决行政争议的一种方法。

行政复议的最大特点是可以跳出某个区域，如对某省国土资源厅的行为不服则可以向国土资源部申请复议，如果在承办案件过程中担心某地方存在地方保护，则应该选择这样的救济途径。

2、征地纠纷行政诉讼

行政诉讼是指公民法人对具体行政行为不服而向人民法院起诉，有人民法院进行审理并作出判决、裁定的司法程序。即通常我们所说的民告官，这是解决行政争议的重要制度。

3、征地纠纷中的民事诉讼。

在征地纠纷中，大多数进行的诉讼属于行政诉讼，民事诉讼时为数不多的，但是并不是所有的程序都要走行政诉讼，有时候也可以走民事诉讼的程序，如对于非法占地的行为，从民事角度考虑我们可以起诉民事侵权，要求停止侵害、赔偿损失、恢复原状。对于已经签订征地补偿协议，如果该协议签订过程中存在胁迫等手段，则从民事诉讼的角度起诉撤销该协议。总而言之办案子要开动脑筋不能死盯住行政诉讼，如果民事诉讼对我们更有利的话，则就应该设法走民事诉讼的程序。在征地纠纷中常发生的民事纠纷有：征地补偿协议纠纷；土地侵权纠纷；土地承包经营纠纷。

4、征地纠纷听证制度。

征地纠纷听证制度是指在土地征收纠纷中拟作出行政处罚、行政许可决定，制定规章和规范性文件时，主管部门组织听证，应当遵循公开、公平、公正和便民的原则，充分听取公民、法人和其他组织的意见，保证其陈述意见、质证和申辩的权利的制度。它可以分为两类，一类是主管部门依职权组织的听证，一种是申请人申请才组织的听证。

依职权组织的听证有：拟定或者修改基准地价；编制或者修改土地利用总体规划和矿产资源规划；拟定或者修改区域性征地补偿标准；制定规章和规范性文件；主管部门规定的其他情形。

二、被征收人对征收决定不服如何处理

我国法律规定，被征收人对市、县级人民政府作出的房屋征收决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法提起行政诉讼，这是被征收人的救济途径。

第一，被征收人可以依照行政复议法申请行政复议

行政复议法第6条规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关违法征收财物的，可以申请行政复议；第9条规定，公民、法人或者其他组织可以自知道该具体行政行为之日起60日内提出行政复议申请；第13条规定，公民、法人或者其他组织对地方各级人民政府的具体行政行为不服的，向上一级地方人民政府申请行政复议；第16条规定，公民、法人或者其他组织申请行政复议，行政复议机关已经依法受理的，在法定行政复议期限内不得向人民法院提起行政诉讼；公民、法人或者其他组织向人民法院提起行政诉讼，人民法院已经依法受理的，不得申请行政复议。

第二，被征收人可以依照行政诉讼法提起行政诉讼，人民法院应当作为行政案件受理

行政诉讼法第11条规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关侵犯其财产权的，可以提起行政诉讼；第19条规定，因不动产提起的行政诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；第25条规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起行政诉讼的，作出具体行政行为的行政机关是被告；经复议的案件，复议机关决定维持原具体行政行为的，作出原具体行政行为的行政机关是被告。