1、主体不同。

企业合并是公司间的行为，主体是参加合并的各公司。股权收购是收购公司与目标公司的股东之间的交易行为，主体是收购公司与目标公司股东。

2、效力不同。

企业合并的效力使公司实体发生变化，被并公司解散，丧失法律人格。收购的效力使目标公司控股股东发生变化，目标公司本身不发生变化，依然存续。

3、性质不同。

企业合并须由双方达成合并协议，是双方平等协商、资源合作的结果。

在股权收购中，收购者与被收购的目标公司的关系就不尽一样。当被收购公司的管理层对收购响应并积极配合时，收购就成“友好”收购性质。当被收购公司管理层拒绝、阻碍收购时，收购就呈“敌意”收购性质。

4、控制程度不同。

5、程序和法律适用不同。

企业合并作为一种法定合并，要严格遵守法定程序。股权收购则不需要履行上述程序，不须取得目标公司管理层、权力机构的同意，不需要债权人保护程序等。

一、公司收购程序

公司收购时应当按照收购流程来进行，避免后续发生牵扯不清的债权债务纠纷，公司收购一般具有以下流程：一、收购意向的确定二、收购方作出收购决议在收购基本意向达成后，双方必须为收购工作做妥善安排。收购方如果为公司，需要就股权收购召开股东大会并形成决议，如果收购的权限由公司董事会行使，那么应由董事会行使收购决议，决议是公司作为收购方开展收购行为的基础文件。三、目标公司召开股东大会，其它股东放弃优先购买权股权收购实质上是目标公司股东对外转让股权的行为，《公司法》规定，股东转让股权必须经过公司持表决权股东过半数同意，其它股东对转让的股权在同等条件下有优先购买权。那么要顺利完成收购，目标公司的股东必须就上述事项召开股东大会并形成决议，明确同意转让并放弃优先购买权。四、对目标公司开展尽职调查，明确要收购对象的基本情况五、签订收购协议在前述工作的基础上，双方就收购问题最终达成一致意见并签署收购协议，收购协议的拟订与签署是收购工作中最为核心的环节。

二、公司合并的好处具体讲有哪些

1、相对于收购而言，企业合并不用支付现金或少付现金而主要是通过交换股票的方式进行，主合并方避免了巨大的融资压力和现金流出，并把由此产生的现金流量投入到合并后企业的重点发展领域，不影响合并后企业的资金周转和经营。目标公司股东可自动成为存续公司或新设公司的股东，保证了企业经营的连续性和稳定性，有利于合并后企业的整合和运作。2、企业合并协议是在合并双方相互充分协商基础上达成的自愿联合，相对于敌意收购而言，操作简便，避免了敌意收购可能造成两败俱伤的风险。3、对于参与合并的企业股东而言，由于企业合并主要不以现金进行交易，可以享受延迟纳税的税收优惠待遇。