备案合同和实际施工合同不一致的话应该要依照备案合同的，因为备案合同已经经过国家的机关进行检验和备案，更加具有法律效力的。

依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（以下简称“解释”）第21条的规定，“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。这是“黑白合同”应当以白合同进行结算的基本原则。

应当注意的是，不是必须招投标的工程项目，但是，当事人按照招投标的程序进行了招投标，签订了施工合同并进行了备案，此后双方又签订了黑合同的。

一、施工合同纠纷管辖法院是哪些？

最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》从建设工程施工合同性质出发，对建设工程施工合同纠纷案件的管辖作出了规定：第二十四条：建设工程施工合同纠纷以施工行为地为合同履行地。

建设工程施工合同应当适用特殊地域管辖，即《民事诉讼法》第23条规定的“因合同纠纷提起诉讼，由被告所在地或者合同履行地人民法院管辖”。

又因建设工程施工合同属于特殊的承揽合同，承揽合同的合同履行为“加工行为地”，所以进一步规定了建设工程施工合同的合同履行地为“施工行为地”。

《民事诉讼法》第二十三条的规定：因合同纠纷提起的诉讼，由被告所在地或合同履行地人民法院管辖。

《民事诉讼法》第三十五条的规定：两个以上人民法院都有管辖权的诉讼，原告可以向其中一个人民法院起诉；原告向两个以上有管辖权的人民法院起诉的，由最先立案的人民法院管辖。

最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》从建设工程施工合同性质出发，对建设工程施工合同纠纷案件的管辖作出了规定：第二十四条：建设工程施工合同纠纷以施工行为地为合同履行地。