国家对合作社的惠农政策多杂，按照惠农政策的涵盖范围及其特点，这些政策可以分为三大类：优惠政策、补贴类政策、专项扶持类政策。

1、优惠政策

合作社可以享受的土地流转补贴、税收减免、用水用电优惠等优惠政策。

土地流转优惠：全国很多地区对合作社土地流转有补贴，比如浙江新昌县对流转土地种植水稻20亩(蔬菜30亩、其他50亩)以上给予经营业主和流出户一次性奖励每亩150元。

税收优惠：一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，免征增值税;合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税等。

用电用水优惠：规模化生猪、蔬菜等生产的用水、用电与农业同价;电力部门对粮食烘干机械用电按农业生产用电价格从低执行的政策。

2、补贴类政策

国家给予农业企业或合作社贷款补贴、购机补贴、种粮补贴及农资综合补贴等，从2003年开始，主要的农业补贴有：

种粮直补、农资综合补贴、生猪标准化规模养殖场(小区)建设、农业保险补贴、粮食最低收购政策、退耕还林补贴、草原生态保护补助等等。

3、专项扶持

国家为扶持某些产业拿出专项资金，扶持资金力度大，覆盖范围相对较小，需要在项目通知后申报争取。我国专项扶持比较多，比如：

1、农业综合开发贷款贴息项目，要求单笔贷款不低于100万，不高于6000万。

2、农业综合开发产业化经营项目、土地治理项目，扶持资金80-160万。

3、规模化养殖场、养殖小区、集中供气等沼气工程项目，扶持资金20-80万。

4、“菜篮子”产品生产扶持项目，扶持资金100万左右。

农业综合开发产业化经营项目财政补助项目、龙头企业带动产业发展和“一县一特”产业发展试点项目，扶持资金龙头企业100-300万，合作社50-150万。