一、运输合同纠纷能否追究挂靠单位责任

如果运输合同是与被挂靠单位签订的，货物由挂靠人运输的，产生运输合同纠纷时，可以追究挂靠单位的责任。

《中华人民共和国民法典》

第八百二十五条【托运人如实申报义务】托运人办理货物运输，应当向承运人准确表明收货人的姓名、名称或者凭指示的收货人，货物的名称、性质、重量、数量，收货地点等有关货物运输的必要情况。

因托运人申报不实或者遗漏重要情况，造成承运人损失的，托运人应当承担赔偿责任。

第一千二百一十一条【挂靠机动车侵权责任】以挂靠形式从事道路运输经营活动的机动车，发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，由挂靠人和被挂靠人承担连带责任。

二、运输合同纠纷管辖法院如何确定

运输合同可能是单一的运输工具来完成，比如由路上运输或者水上运输或者空中运输单独完成，也有可能采取的是多种运输工具联合运输，路上运输还存在公路运输和铁路运输之分。采用不同的运输工具，就可能形成是由普通法院管辖还是由专门法院管辖的问题。实践中处理这一问题的基本原则是：

(1)如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院，比如采用水运，则由海事法院管辖，采用铁路运输，则由铁路运输法院管辖;

(2)如果是采取联合运输，根据具体情况，凡是与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关的，由铁路运输法院管辖;

(3)在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，如何确定管辖法院，法律并未作出具体规定，在这处情况下，可以由当事人选择法院管辖。