1.电子支付的安全性问题

电子支付作为一种新兴的支付手段从一开始就受到了各方的普遍关注，特别是对于普通用户。但一直以来，电子支付的安全性问题都是网络银行、卖家、买家最为关心的问题，也成为用户不选择电子支付的首要原因。根据iResearch2006年度电子支付报告书显示，66.1%的用户将交易不安全列为不选择电子支付的第一原因。

2.电子支付业的规范性问题

中国的网络银行体系基本上是属于实体银行在因特网上的延伸。但由于各个网络银行业务是由各银行独立开发、推销，开发模式、业务范围和发展规模有较大的差异，发展不均衡。如信用卡业务，各银行展开了激烈的竞争，却不能达成内部的一致协议，实现信用卡的跨行结算。这种规范标准不统一的局面既造成重复建设、浪费资金，使得整个结算系统不能满足消费者方便、快捷的要求。

3.电子支付业监管问题

网络银行作为传统银行补充产物的出现对同传统的银行监管手段提出了新问题，由于传统的资本管制手段对网络银行失去意义，而针对网络银行的监管体制还未建立。监管当局必须网络银行监管中发生的新问题，如网络金融机构发行电子货币可能对国家货币政策产生的冲击、对资本市场的资金流产生的，使用电子货币进行网上支付还会引发比传统支付手段高得多的交易风险。

4.电子支付的法律支持问题

迄今为止，电子支付业务在我国已经开展8年之久了，然而我国关于电子商务的立法还不完备，甚至可以说是很缺乏。目前为止，仅有《中华人民共和国电子签名法》、《电子支付指引》两部法律法规。虽然，《电子签名法》的实施为我国电子商务法制环境的完善奠定了基础，也使网络虚拟世界与现实世界可以对应。但就目前的情况来看，电子商务和电子支付的立法问题和法律环境还远远没有解决。与电子签名法的颁布同时进行的《公司法》、《票据法》、《证券法》、《拍卖法》等法律的修订，也未能体现与电子签名法的衔接。

5.电子支付中的权利义务及责任区分问题

我国现在关于电子支付的法律规范体系尚未完善，法律法规中对于电子支付中的银行、商户以及消费者之间的权利义务没有明文规定，也没有明确指出在电子支付过程中发生的金融交易各方应当承担的法律责任，这样很容易产生纠纷。而且，关于产生纠纷后的解决方法没有相关的法律规定来指导，纠纷更是难以及时解决。