补充协议与原合同冲突处理：

1、双方的基本信息要全面具体；

2、说明制定补充协议的原因；

3、协议补充或变更的内容。

补充合同约定与主合同约定发生冲突时，以后期约定条款为准执行。因此，补充合同的效力优于主合同。后期约定实际上是对主合同原约定的重新修订，这是补充合同的本质和本质。如果主合同的原条款仍然执行，补充合同的意义就会丧失。

一、补充条款和主条款冲突

补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

二、补充协议是否有效呢

补充协议是否有效需要按实际情况判断，具体情况如下：

1、如果合同主体与相关权利义务的关系可以从补充协议的内容中确定，则补充合同是独立有效的合同，而不是原合同。因此，即使主合同无效或被撤销，补充协议的效力也不会受到影响；

2、补充协议内容不独立的，必须结合原合同内容确定合同主体和双方的权利义务，补充合同实际上是原合同，原合同有效，补充协议有效，原合同无效，补充协议无效；

3、补充协议与原合同的内容也可能存在矛盾或不一致。如果原合同和补充合同没有特别约定两份合同之间存在矛盾或不一致，则必须以哪份合同的内容为准，则补充协议的时间一般在后面，以补充协议为准。

法律规定，签订合同后，发现有些事项没有达成完善的协议，往往会签订补充合同。