《条例》第七条规定，知识产权权利人可以将其知识产权向海关总署申请备案。由于《条例》取消了知识产权权利人请求海关扣留侵权嫌疑货物必须事先备案的规定，那么知识产权海关保护备案还有哪些作用?其作用主要体现在以下方面：

(1)是海关采取主动保护措施的前提条件。根据《条例》第十六条的规定，只有知识产权已经在海关总署备案的情况下，海关才将发现进出口侵权嫌疑货物的情况通知知识产权权利人。此外，根据《条例》第二十条的规定，海关只能对涉嫌侵犯在海关总署备案的知识产权的货物才有权进行调查处理。

(2)有助于海关发现和查处侵权货物。尽管《条例》规定知识产权权利人可以直接向侵权嫌疑货物进出境地海关申请扣留侵权嫌疑货物，而不需事先进行知识产权备案，但是通常知识产权权利人仅靠自己的努力发现即将进出口的侵权货物是很难的，海关对进出口货物的日常监管是目前发现侵权货物的主要途径。知识产权权利人向海关总署办理知识产权备案，不仅使海关可以启动主动保护程序，而且也使海关能够在对货物的日常监管过程中及时发现侵权嫌疑货物，并及时与权利人联系办理确认、申请、担保、扣留等有关手续。

(3)减少侵权行为的发生。由于知识产权备案的信息是向社会开放的，知识产权权利人办理备案，可以对那些毫无顾忌地进出口侵权货物的企业产生警告和震慑作用，促使其进出口侵权货物的违法行为有所收敛。

所以，知识产权权利人事先进行知识产权备案，可以使其合法权益得到海关更好的保护。