主要是：

（1）主观方面不同。本罪在主观方面必须出于故意；后罪则出于过失。

（2）行为方式不同，本罪的行为方式表现为不依法履行或不正确履行职责，放纵黑社会性质组织进行违法犯罪活动的行为；后罪则表现为一切严重不负责任，不履行或不正确履行职务的所有玩忽职守的行为。

（3）定罪情节有不同。本罪系行为犯，一实施纵容黑社会性质组织进行的违法犯罪活动的行为，除非情节显著轻微危害不大，都构成本罪；后罪为结果犯，玩忽职守的行为必须造成公共财产、国家和人民利益重大损失的危害结果方能构成其罪。

（4）侵犯的客体不同。本罪为复杂客体，既侵犯国家机关的正常管理活动，又侵犯社会正常的治安秩序，且以后者为主；后罪侵犯的客体是国家机关正常的管理活动。

怎么样判断是否构成包庇、纵容黑社会性质组织罪

区分罪与非罪的界限，要注意本罪是行为犯，行为人实施完毕包庇、纵容黑社会性质组织行为的，原则上构成本罪且为既遂。

但是，根据案件具体情况，如果包庇、纵容行为情节显著轻微、危害不大的，如行为人指使他人作伪证，他人未作伪证而未遂，且能自首或立功的不以犯罪论处。