串通投标罪侵犯其他投标人或国家、集体的合法权益，又侵犯社会主义市场经济的自由贸易和公平竞争的秩序。合同诈骗罪侵犯的是国家对经济合同的管理秩序和公私财产所有权。

行为方式不同：合同诈骗罪表现的是在签订、履行合同过程中，以虚构事实或者隐瞒真相的方法，骗取对方当事人财物，数额较大的行为。串通投标罪是表现在串通投标的行为。

主体不同：合同诈骗罪的主体是个人或单位均可构成。串通投标罪的主体是达到刑事责任年龄且具备刑事责任能力的自然人。

串通投标罪的认定

1、本罪与非罪的界限

串通投标罪与串通投标违法行为的界限，关键在于该行为的情节严重与否，情节严重者构成犯罪，否则不以犯罪论，对于何为情节严重，应当由最高法院作出司法解释。在认定情节严重与否时，应当考虑犯罪手段是否恶劣、是否屡教不改、行为的结果及社会影响等因素，作出综合判断。

2、本罪与贿赂罪牵连行为的认定

在行为人犯串通投标罪的同时，往往可能牵连犯有贿赂罪、侵犯商业秘密罪等罪名，如投标人贿赂招标人许以特定经济利益，诱使其泄露标底，或者招标人接受贿赂，泄露标底等商业秘密。由此可见，基于本罪特点，往往可能出现牵连犯罪的情况。对于此种牵连犯罪行为，因无法律的特别规定，应依法理，适用以一重罪处断为宜。