根据《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕60号)文件规定，企业应将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。因此，企业清算期所在的年度内，有两个所得税纳税年度，第一个纳税年度为1月1日到终止生产经营之日，第二个纳税年度为终止生产经营之日到注销税务登记之日。

1、第一个纳税年度

企业在年度中间终止生产经营，按照公司法、企业破产法等规定需要进行清算的，依据企业所得税法第五十五条规定，应将终止生产经营当年度1月1日至实际经营终止之日作为一个纳税年度，于实际经营终止之日起60日内完成当年度企业所得税汇算清缴，结清当年度应缴(应退)企业所得税税款。

2、第二个纳税年度

进入清算期的企业应对清算事项，报主管税务机关备案。企业应当自终止生产经营活动开始清算之日起15日内向主管税务机关提交《企业清算所得税事项备案表》并附送以下备案资料：

(1)纳税人终止正常生产经营活动并开始清算的证明文件或材料。

(2)管理人或清算组联络人员名单及联系方式。

(3)清算方案或计划书。

(4)欠税报告表。

3、企业在清算期内取得来源于我国境外的所得，仍须依据《财政部、国家税务总局关于企业境外所得税收抵免有关问题的通知》(财税〔2009〕125号)的相关规定，按照分国(地区)不分项原则，采取抵免法，计算按照我国税法计算的在我国境内应补缴的企业所得税税额。

4、企业应当自清算结束之日起15日内，向主管税务机关报送《中华人民共和国企业清算所得税申报表》及其附表和下列资料，完成清算所得税申报，结清税款。

(1)清算报告或清算方案或破产财产变价方案的执行情况说明;

(2)清算期间资产负债表、利润表(依据相关法律法规要求须经中介机构审计的，还应同时附送具有法定资质的中介机构的审计报告);

(3)资产盘点表;

(4)清算所得计算过程的说明;

(5)具备下列情形的，还需报送资产评估的说明和相关证明材料。

①资产处置交易双方存在关联关系的;

②采取可变现价值确认资产处置所得或损失的。

(6)企业清算结束如有尚未处置的财产，同时报送尚未处置的财产清单、清算组指定保管人的授权委托书、组织机构代码证或身份证复印件。

(7)股东分配剩余财产明细表。

(8)非营利组织还应同时附着清算结束后其剩余财产的处置情况说明。