有学者将船舶所有权登记分为实体上的船舶所有权登记和程序上的船舶所有权登记。[7]依此，船舶抵押权登记也可作此区分，即可分为实体上的船舶抵押权登记和程序上的船舶抵押权登记，前者为当船舶抵押权设立、变更或者终止时，以船舶抵押权登记将船舶抵押权之变动昭然于外;后者为船舶抵押权设立、变更或撤销登记时适用的程序，包括登记机关、登记港、提交相关材料等。依李志文教授对船舶所有权登记属性的观点，笔者可作如下推论，不论是实体上的船舶抵押权登记还是程序上的船舶抵押权登记，其实质仍然是船舶抵押权本身的登记，是对其设立、变更和终止的记载和为第三人所确认。在实体意义上，船舶抵押权登记是表明船舶抵押权变动的公示方式，为一种私法行为。船舶抵押权登记首先代表的是物权的公示性，是将发生在当事人之间的船舶抵押权变动通过登记显示于外，使船舶抵押权具有对世性和排他性。程序意义上的船舶抵押权登记是将船舶抵押权记载在船舶登记簿上的过程，它为实体上船舶抵押权登记法律效果的最终实现所设置，并受实体法船舶抵押权变动模式的限制。因而，它与实体上船舶抵押权登记的属性一脉相承，亦具有私法性，从而得出结论不论是实体上的船舶抵押权登记，还是程序上的船舶抵押权登记，两者互相关联，均具有私法性。由此，船舶抵押权登记究竟是公法行为抑或是私法行为?

关于抵押权登记的性质，大致有如下三种学说：

(1)公法行为说。该说认为，抵押权登记属于公法上的行为即行政行为，[8]它体现了国家对不动产物权关系的干预，是国家行政机关与公民、法人或其他组织之间的一种管理与被管理的关系。

(2)私法行为说。该说认为，抵押权登记是出于物权公示原则的要求，设定抵押权的行为也属于民事法律行为，因此抵押权登记属于民事行为。其次，抵押权所担保的是债权，无论是抵押权还是其所担保的债权皆属于民事权利，故而抵押权登记为私法行为。

(3)折衷说。该说认为，抵押权登记既有私法行为的一面也有公法行为的一面，不能一概而论。笔者认为，(当事人设定船舶抵押权的行为属于私法领域，是意思自治原则所决定的。由于我国船舶抵押权变动采意思主义模式，登记是当事人的自愿行为，所以在此讨论船舶抵押权登记的性质是在当事人已申请船舶抵押权登记并由登记机关作出登记的情况下进行的。)船舶抵押权登记应做以下理解：首先区分为实体意义上的船舶抵押权登记和程序意义上的船舶抵押权登记，程序意义上的船舶抵押权登记进一步区分为船舶抵押权登记申请行为与船舶抵押权登记机关的审查行为。实体意义上的船舶抵押权登记和船舶抵押权登记申请行为皆为私法行为，船舶抵押权登记机关的审查行为为公法行为。实体意义上的船舶抵押权登记是以登记表明船舶抵押权的变动，通过登记记载使船舶抵押权变动对第三人具有对抗力，其性质为私法性。船舶抵押权属于物权，其变动如果不公示则不能对抗第三人，当事人为了使其船舶抵押权变动产生对抗力，维护交易安全，大都会申请船舶抵押权登记。船舶抵押权登记使当事人之间的船舶抵押权变动产生公示对抗力，正是国家公权力的介于才赋予船舶抵押权强大的公示效力，国家公权力的介入正是通过船舶抵押权登记机关的审查行为，其次通过登记机关的审查行为不仅产生了公示船舶抵押权的私法效果，而且国家(船舶管理机关)能够主动有效地管理和了解船舶这一重要的社会资源，带有显著的行政色彩。实体意义上的船舶抵押权登记具有私法性，登记机关的审查具有公法性，而船舶抵押权登记申请正是连接私法性与公法性的媒介。