根据《实施条例》和《商标评审规则》的规定，商标评审委员会审理商标争议案件应当遵循哪些基本原则和制度主要有：

(1)以事实为根据，以法律为准绳原则;

(2)在适用法律上对当事人一律平等;

(3)少数服从多数原则;即一般情况下，商标评审委员会审理商标争议案件实行合议制度，由商标评审人员组成合议组进行审理，合议组审理商标争议案件实行少数服从多数原则。

(4)回避制度;

(5)合议制度与独任制度;商标评审委员会审理商标争议案件，应当组成合议组进行审理。合议组由商标评审人员3人或者3人以上单数组成。但审理事实清楚、案情简单的商标争议案件，可以由商标评审人员一人独任评审。

(6)权利处分原则;在商标评审期间，当事人有权依法处分自己的和与商标评审有关的权利。

(7)材料查阅制度;在商标评审委员会审理商标争议案件过程中，当事人、利害关系人、代理人可以申请查阅有关材料，并可以申请复制本案有关材料和法律文书。查阅、复制本案有关材料的范围和办法由商标评审委员会规定。

此外，合议组审理案件应当制作合议笔录，并由合议组成员签名。合议组成员有不同意见的，应当如实记入笔录。经审理终结的商标争议案件，由商标评审委员会依法作出决定、裁定。