依照相关法律规定刑事案件检察院不起诉的，卷宗材料应退回公安机关，由公安机关保管；如果公安机关认为检察院作出的不起诉决定有误时，可以要求复议，如果发现新的事实及证据会进行重新起诉处理。

一、刑事案件不起诉怎么办?

对检察机关不起诉决定不服怎么办?针对不同的主体，法律有相应的救济程序。1、对于公安机关移送起诉的案件，人民检察院决定不起诉的，应当将不起诉决定书送达公安机关。公安机关认为不起诉的决定有错误的时候，可以要求复议，如果意见不被接受，可以向上一级人民检察院提请复核。2、对于有被害人的案件，决定不起诉的，人民检察院应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。人民法院受理案件后，人民检察院应当将有关案件材料移送人民法院。3、被不起诉人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向人民检察院申诉。人民检察院应当作出复查决定，通知被不起诉的人，同时抄送公安机关。

二、如果起诉不结案检察院会怎么办

检察院可以用决定不起诉而结案。刑事案件在审查起诉期间，如果案件事实不清，证据不足，检察院可以决定不起诉或退回公安机关补充侦查，如果补充侦查后仍是证据不足，检察院应当决定不起诉。取保候审后，检察院不起诉，案子就算了结了。

三、拒不认罪犯罪证据又不足怎么判决

犯罪嫌疑人不认罪，并且犯罪证据又不足的，侦查机关可以补充侦查，如果补充侦查后证据还是不足的，作出不起诉决定。根据《刑事诉讼法》第一百七十五条规定，人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。