刑事再审程序对于保护被告人的合法权益、维系刑事诉讼程序的完整性具有重要的意义，但司法实践表明，刑事再审程序存在制度性缺陷，影响其功能发挥，必须从立法、司法等途径予以完善。

2006年-2008年连云港全市法院共受理刑事再审案件20件，其中维持2件，改判16件，以其他方式结案2件。由法院依职权启动再审程序的4件，因当事人申诉启动再审程序的16件。通过审理情况分析，刑事再审程序存在的不足是：一是当事人申诉的再审事由不明确;二是刑事再审案件书面审理的情形不易界定;三是庭审中举证责任的分配不明确。

针对上述存在的问题，对刑事再审程序完善的思路：

一是提高刑事再审的级别管辖。法院启动再审符合我国司法实际，但从司法公正及司法中立角度出发，由作出生效裁判法院的上级法院启动再审更为合理。由作出生效判决的法院主动启动再审程序，一定程度上会破坏司法公信力，不利于树立司法权威。另外，刑事再审提级管辖也与民事再审程序相呼应，有利于维护法律的统一性。

二是严格限制法院依职权启动刑事再审权。我国刑事再审制度是建立在传统的不枉不纵、有错必纠的理念之上，根据我国国情，虽然不能完全按照一事不再理、禁止双重追诉来规范刑事再审制度，但国家的刑事追诉权不能无限的扩张，人权保障作为重要的刑事理念，应当在刑事再审中得以体现，法院依职权提起再审应贯彻限制加刑原则。再审是特殊救济的诉讼途径，要权衡再审利弊，既要保证诉讼正义，又要维护裁判的确定力。如果有些案件存在瑕疵，启动再审诉讼成本太大，不宜由法院依职权启动，不能把法官合理的自由裁量认定为错误而不适当地扩大法院依职权启动刑事再审的范围。因此，对提起有利于被告人的再审，不管再审结果对被告人有多么不利，也不能加重被告人的刑罚。对提起不利于被告人的再审，除了特别严重的犯罪漏判的，以及被告人通过行贿等非法手段串通侦查人员、检察人员、审判人员枉法处理，串通证人、鉴定人故意作伪证，虚假鉴定导致作出明显有利于被告人的案件予以改判外，其他情况一律不能加重被告人的刑罚。

三是增加刑事再审开庭程序的规定。大部分刑事再审案件是由当事人申诉提起，但《关于刑事再审案件开庭审理程序的具体规定(试行)》对因当事人申请启动再审的程序规定相对简单，反而对实践中较少出现的检察院抗诉启动的再审程序规定详尽。刑事再审案件开庭审是一般原则，书面审是例外，建议通过立法增加刑事再审开庭程序的规定，从申请刑事再审的事由认定标准、刑事再审举证责任分配等方面将再审程序细化，使司法实践在审理刑事再审案件时有法可依。