自离对档案没有影响。自动离职不会有不良记录，但是会有不良影响，具体理由如下：

1、新公司会做入职调查，如果劳动者跳槽频繁，或者给原单位留下不良印象，那么新单位在招聘时会考虑是否要录用；

2、劳动者自动离职后，单位会根据规章制度解除劳动合同，在解除合同当日需结清工资。

自离需要办理自离手续吗

自离需要办理自离手续。离职手续是接续失业保险的凭证，如果没有离职手续，将来无法就业，也就无法领取失业险金。用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。如果用人单位依照有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。

《工资支付暂行规定》第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。