农民工工资保证金由施工方缴纳。依据相关规定，农民工工资保证金由建筑施工单位按规定存入。如果已存入工资保证金的建筑施工企业，确因资金周转困难无法按时支付给农民工工资的，劳动保障行政部门可动用该企业的工资保证金支付。

农民工工资保证金管理暂行办法

县级以上劳动和社会保障行政部门负责企业农民工工资支付的监督管理，建设行政主管部门协助劳动和社会保障行政部门对企业执行本办法的情况进行监督检查。企业应依法通过集体协商或其他民主协商形式制定内部工资支付办法，并告知本企业全体农民工，同时抄报当地劳动和社会保障行政部门与建设行政主管部门。企业应当根据劳动合同约定的农民工工资标准等内容，按照依法签订的集体合同或劳动合同约定的日期按月支付工资，并不得低于当地最低工资标准。具体支付方式可由企业结合建筑行业特点在内部工资支付办法中规定。

《农民工工资保证金管理暂行办法》第六条

农民工工资保证金由建筑施工单位按规定存入。建设单位在拨付工程价款时，按第十条规定比例单独开列合同建筑企业农民工工资保证金支票，直接转入农民工工资保证金专户企业帐户，所转入资金列入已支付工程款。

《农民工工资保证金管理暂行办法》第十三条

已存入工资保证金的建筑施工企业，确因资金周转困难无法按时支付农民工工资，劳动保障行政部门可动用该企业的工资保证金支付，建筑施工企业应在动用之日起10日内按动用金额的200％补存。