如果员工个人辞职，且正在还公积金贷款月供期中，只要保证其月供能够按时、足额的偿还就没有问题的。公积金贷款是指缴存住房公积金的职工享受的贷款，国家规定，凡是缴存公积金的职工均可按公积金贷款的相关规定申请公积金贷款。

《住房公积金管理条例》第十九条职工个人缴存的住房公积金，由所在单位每月从其工资中代扣代缴。单位应当于每月发放职工工资之日起5日内将单位缴存的和为职工代缴的住房公积金汇缴到住房公积金专户内，由受委托银行计入职工住房公积金账户。