作为流动性很强的资产，银行存款存在问题的固有风险较大，需要较为严格的审计程序，来避免遗漏重大舞弊行为等违法违纪问题。从理论上说，银行存款审计的主要手段有内控测试、核对流水及未达账项、检查定期存款、各类保证金、余额函证等手段。而行政事业单位银行存款常见的问题是多头开户、私设小金库、资金闲置等。因此，除执行财政资金的审计程序外，应重点关注以下几个方面：

(一)应检查行政事业单位的开户审批情况。一般一个独立核算的行政事业单位除有特殊规定外，原则上只能开立一个基本存款账户。如果行政事业单位存在多个账户，要检查相应的审批文件、印章、印鉴和管理审批人员是否健全，是否存在随意多头开户等问题，是否按国务院、财政部和省人民政府、省财政厅等有关文件规定开设了专用存款账户，是否按规定对有明确规定的专项资金实行了专户管理、专款专用。

(二)重点检查单位所属的工会、幼儿园、党团组织、招待所、食堂等单位开设的基本存款账户的支出范围，是否存在滥发奖金、补贴问题。并检查除上述部门外的其他非财务部门有无开设银行账户的问题。还应关注有无截留应上缴财政的预算外收入，逃避预算管理，直接用于部门各类经费开支的情况。

(三)检查是否存在将单位资金存为定期存款或进行委托理财等行为，是否有公款私存等情况。并注意发现其背后是否隐藏着商业银行给予揽存回扣、重大投资损失、个人贪污、利息不入账等问题。如审计某机关时，发现该单位购买的债券利息有138万元未在账面计提反映，后查明该单位收取利息后部分存入单位账户，部分在账外存放、用于发放奖金。

要查清上述三类问题，需采取内查外调等方法。首先根据行政事业单位的职权范围和审批权力的大小，确定重点单位和重点范围。银行账户存在较大疑点或有举报等线索时，应请求人民银行或各商业银行配合提取开户资料、对账单、银行原始记账凭证，或到工商管理部门调阅被审计单位设立经济实体等情况的有关资料。