国务院及其所属部门对各类安全生产违法违规行为的惩罚措施，可包括如下方面：

给予警告或公开通报批评，罚款并没收涉案违法所得与违法财务物资，暂时扣留相关的许可证件、降低其资质等级甚至是吊销许可证照，同时还需要扣留违法企业的经营资格、责令其停止生产及营业活动，直至关闭企业、限制责任人员工作等多种间接手段。

若情节特别严重，则需对涉事企业的主要责任人施加行政拘留的惩戒，以此彰显其违法行为的严重性。

《中华人民共和国行政处罚法》第九条

行政处罚的种类：

（一）警告、通报批评；

（二）罚款、没收违法所得、没收非法财物；

（三）暂扣许可证件、降低资质等级、吊销许可证件；

（四）限制开展生产经营活动、责令停产停业、责令关闭、限制从业；

（五）行政拘留；

（六）法律、行政法规规定的其他行政处罚。