一、发包人主张将工程款予以抵扣怎么办理

发包人主张将工程款予以抵扣，当事人可以向法院起诉，对于这种行为，法院一般是不予支持的；但当事人另有约定、生效判决、仲裁裁决予以确认或发包人有证据证明其有正当理由向合法分包人、实际施工人支付的除外。

《中华人民共和国民法典》第八百零七条

发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除根据建设工程的性质不宜折价、拍卖外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。

二、发包人主张将工程款予以抵扣怎么向法院起诉

向法院起诉的流程是：

1．原告向人民法院递交起诉状、副本及相关的证据；

2．人民法院接受原告提交的文件、材料，进行审查，符合条件的予以立案；

3．法院将原告的起诉书副本送达被告；

4．被告作出书面答辩；

5．开庭审理；

6．法院做出判决。

三、发包人结算工程款的三种方法是什么

1．直接支付至承包人的指定账户

发包人将工程款支付至承包人的指定账户，无论是转账、现金汇款还是使用票据，对双方来说都无疑是避免纠纷的最有效方式。即使付款或收款的凭证不慎遗失，任何一方都可以到银行查询交易记录完成举证，法院也可以通过调查取证查清付款的详细信息

2．支付给承包人的有关人员

发包人将工程款直接支付给实际施工人的情形较多。除了实际施工人以外，承包人的财务人员、现场负责人或委托授权的其他人往往也会收取工程款。

3．支付给特定的第三方

在履行合同过程中，发包人需要将一部分工程款支付给第三方，而承包人对此予以认可或应当认可的，同样具有法律上的效力。

《中华人民共和国民法典》第八百零七条