当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。

时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

主合同与补充合同

主合同与补充合同一般不会同时产生，会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。

补充合同是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。

主合同因为有了补充合同，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。

补充合同的编号往往是以主合同为依托而表达的，如__号合同补1、补2，这是强调二者主从关系的实质体现。

因为有了补充合同这种特殊形式，能够保证双方履约顺利，合同纠纷减少。

所以，实践中还是不能忽略补充合同的效力，在出现主合同效力和补充合同效力矛盾的时候，需要以补充合同的效力为准。