兼并合同纠纷需要注意的事项是：

（1）企业控股是企业收购形式，属于企业股东行为；企业合并是企业行为，但需经股东大会决议同意。

（2）企业控股不发生被控股企业主体资格的消灭，企业合并导致被吸收企业或者合并各方主体资格消灭。

（3）企业控股的法律后果仅为被控股企业股权发生变动，该企业资产和负债不发生转移。

企业兼并合同纠纷的法律适用

处理企业兼并合同纠纷的法律依据主要是最高人民法院《关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》第30一35条。《全民所有制工业企业转换经营机制条例》第16条明确了企业享有联营、兼并权。国家体改委、国家计委、财政部、国家国有资产管理局《关于企业兼并的暂行办法》第4条规定：企业兼并主要有以下几种形式：

（1）承担债务式，即在资产与债务等价的情况下，兼并方以承担被兼并方债务为条件接收其资产；

（2）购买式，即兼并方出资购买被兼并方企业的资产；

（3）吸收股份式，即被兼并企业的所有者将被兼并企业的净资产作为股金投人兼并方，成为兼并方企业的一个股东；

（4）控股式，即一个企业通过购买其他企业的股权，达到控股，实现兼并。

处理企业兼并合同纠纷的法律依据主要是最高人民法院《关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》第30一35条。

《关于审理与企业改制相关的民事纠纷案件若干问题的规定》第三十条，企业兼并协议自当事人签字盖章之日起生效。需经政府主管部门批准的，兼并协议自批准之日起生效；未经批准的，企业兼并协议不生效。但当事人在一审法庭辩论终结前补办报批手续的，人民法院应当确认该兼并协议有效。