夫妻双方协议离婚抚养权的归属问题能另行起诉；另行起诉（即代位权起诉）是指在法院审理的案件中不能就当事人提出的主张进行合并审理，需当事人另案起诉。一般是当事人提出的主张与审理的案件不是同一法律关系，即案由不一致；或者主张的暂时没有证据等。抚养权是能形成独立的诉讼请求，可以另案起诉。

协议离婚孩子归男方还能起诉要抚养权吗？

可以，起诉变更抚养权流程：起草民事起诉状，准备证据材料，然后到法院立案，由法院开庭审理，并最终由法院作出判决。注意：夫妻双方都是为了子女能够健康快乐的成长，因此，如果抚养方出现不再适合抚养孩子的情况时，双方还是尽可能通过协商解决子女抚养权的事宜。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百八十五条

依照本章程序审理的案件，实行一审终审。选民资格案件或者重大、疑难的案件，由审判员组成合议庭审理；其他案件由审判员一人独任审理。

第一百八十六条

人民法院在依照本章程序审理案件的过程中，发现本案属于民事权益争议的，应当裁定终结特别程序，并告知利害关系人可以另行起诉。

第一百八十七条

人民法院适用特别程序审理的案件，应当在立案之日起三十日内或者公告期满后三十日内审结。有特殊情况需要延长的，由本院院长批准。但审理选民资格的案件除外。