合同的效力与登记行为的效力之间存在直接的牵连。但是，基于两个原因，合同效力的认定与登记机关的登记行为的效力认定必须分开，分别纳入民事诉讼和行政诉讼中予以裁判：

1、二者所涉法律关系主体即诉讼主体不同：因合同效力认定产生的纠纷，原、被告应为合同双方当事人；因登记机关的登记行为效力认定所产生的纠纷，原告为申请办理登记的当事人，被告为登记机关；

2、二者所适用的法律不同：合同效力认定的实体法依据是民法规范，其程序法依据是民事诉讼法；登记行为效力认定的实体法依据是有关登记的行政法规，其程序法依据是行政诉讼法。

根据登记基础行为与登记行为相分离的原则，据以登记的合同被认定无效，登记行为当然无效，但据以登记的合同即使有效，如果登记程序违法，也有可能导致登记行为无效。

法律规定：

《最高人民法院关于适用若干问题的解释(一)》第一条规定：“因不动产物权的归属，以及作为不动产物权登记基础的买卖、赠与、抵押等产生争议，当事人提起民事诉讼的，应当依法受理。当事人已经在行政诉讼中申请一并解决上述民事争议，且人民法院一并审理的除外。”

《中华人民共和国行政诉讼法》第六十一条第二款规定：“在行政诉讼中，人民法院认为行政案件的审理需以民事诉讼的裁判为依据的，可以裁定中止行政诉讼。”