证据存疑不起诉如何处理：应该取消强制措施并当即释放当事人。因证据不足决定不起诉是司法进步的具体表现，其目的就是保护公民、法人和其他组织的合法权益。不起诉决定，应当公开宣布，如果被不起诉人在押，应当立即释放。

一、无罪释放的条件

（1）公安机关对于被拘留的人，依法讯问时发现其不构成犯罪，必须立即释放，并发给释放证明；

（2）人民法院、人民检察院对于各自决定逮捕的人，公安机关对于经人民检察院批准逮捕的人，依法讯问时发现其不构成犯罪，均须立即释放，并发给释放证明；

（3）人民检察院对于公安机关移送起诉或者免予起诉的案件，经过审查认为被告人不构成犯罪时，应当作出不起诉决定，并立即释放在押的被告人；

（4）人民法院经过审理，认为被告人不构成犯罪，则作出无罪判决，并在宣告判决后立即释放在押的被告人。

二、检察院不起诉的案子会怎么处理

检察院不起诉的案子处理如下：公开宣布不起诉的决定书，将不起诉决定书分别送达下列机关和人员：1、被不起诉人和他的所在单位。如果被不起诉人在押的，应当立即释放。2、对于公安机关移送起诉的案件，应当将不起诉决定书送达公安机关。3、对于有被害人的案件，应当将不起诉决定书送达被害人。

三、检察院作出不起诉决定后的流程

(一)审查。经过审查起诉，认为需要作不起诉处理的，承办案件的检察官应当写出审查报告，经部门负责人审核，报主管检察长决定或由主管检察长提交检察委员会讨论决定。

(二)决定不起诉。不起诉的决定权由检察长和检察委员会行使。

(三)宣布和送达。人民检察院应公开宣布不起诉决定，并将不起诉决定书分别送达被不起诉人及其所在单位、被害人或者其近亲属以及被害人的诉讼代理人。送达时，应当告知被害人或者其近亲属、诉讼代理人，如果对不起诉决定不服，可以自收到不起诉决定书后7日内向上一级人民检察院申诉，也可以不经申诉直接向人民法院起诉。对于依照刑事诉讼法第一百四十二条第二款规定而被不起诉的人，应当告知其如果对不起诉决定不服，可以自收到不起诉决定书后7日内向人民检察院申诉。

(四)不起诉的善后工作。不起诉决定宣告及送达后，应及时解除强制措施，解除扣押、冻结，对需要给予被不起诉人行政处罚、行政处分或没收其违法所得的提出检察意见并移送有关主管机关处理等。

(五)报请批准。省级以下人民检察院对直接受理侦查案件作不起诉决定的要报上一级人民检察院批准。