一、目的的不同

计算机软件著作权登记---属于权利上的登记，目的在于确权，为今后追究第三方侵权留下足够的证据;软件的著作权登记，是作者充分行使并保护自己软件著作权的前提条件和有力保障。一旦发生软件著作权争议，作者可以凭借《软件著作权登记证书》主张自己的版权。软件产品登记---目的在于投放市场，确保拥有一个合法的身份。

二、负责管理和登记的部门的不同

计算机软件著作权登记部门为中国版权保护中心;软件产品登记：国内软件产品登记由各省市软件行业协会予以受理和认定。进口软件产品(含进口软件本地化产品)的登记申请，统一由中国软件行业协会受理，最终经信息产业部审查批准后，核发软件产品登记号和软件产品登记证书。并由信息产业部审核备案。

三、保护期限的不同

软件著作权自软件开发完成之日起产生。自然人的软件著作权，保护期为自然人终生及其死亡后50年，截止于自然人死亡后第50年的12月31日;软件是合作开发的，截止于最后死亡的自然人死亡后第50年的12月31日。软件产品登记保护期限为5年。软件产品登记的程序是先有著作权证和相关营业执照外加测试合格证书才能进行产品登记。著作权是你的权属所在，是软件开发完后可以自动或法律上登记程序而得到。软件产品登记是你具有了三证后，具有了软件产品进入市场销售的法律凭证。总之，虽然说会有人认为登记证与著作权可能存在多余办理的成分，但其实如果缺少其中之一就可能造成权利的缺失而更加容易在所有权的问题上引发纠纷。建议大家在针对软件纠纷上直接委托律师。