设施农业用地备案流程主要涉及到以下几个步骤：

首先，设施农业用地的主导方需要与村级集体经济组织对于相应地块的选址以及土地用途等相关事宜达成一致，进而签署正式的用地协议；

其次，农村集体组织需在签定了用地协议之后，尽快将这份协议和配套的设施农业建设方案上报所在乡（镇）人民政府进行备案；

最后，乡（镇）人民政府在接收到备案材料后，将其汇总并送交自然资源管理部门以及农业农村主管部门逐一进行审核，以确定所提交材料的准确性及合法合规性。

《中华人民共和国土地管理法》第六十条

农村集体经济组织使用乡（镇）土地利用总体规划确定的建设用地兴办企业或者与其他单位、个人以土地使用权入股、联营等形式共同举办企业的，应当持有关批准文件，向县级以上地方人民政府自然资源主管部门提出申请，按照省、自治区、直辖市规定的批准权限，由县级以上地方人民政府批准；

其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。按照前款规定兴办企业的建设用地，必须严格控制。省、自治区、直辖市可以按照乡镇企业的不同行业和经营规模，分别规定用地标准。