第三方审计不认可可以起诉。如果审计公司审的不合理，可以提出跟换审计公司，没有合情合理的审计依据，当事人可以进行起诉。根据相关法律规定，被审计单位对审计机关作出的有关财务收支的审计决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。被审计单位对审计机关作出的有关财政收支的审计决定不服的，可以提请审计机关的本级人民政府裁决，本级人民政府的裁决为最终决定。

一、用于预防接种的经费是专款专用吗

1、依据我国相关法律的规定，各级财政安排用于预防接种的经费应当专款专用，任何单位和个人不得挪用、挤占，接种的经费应当依法接受审计机关的审计监督。

2、法律规定：《中华人民共和国疫苗管理法》

第六十七条各级财政安排用于预防接种的经费应当专款专用，任何单位和个人不得挪用、挤占。

有关单位和个人使用预防接种的经费应当依法接受审计机关的审计监督。

二、中标人申请审计费由中标人代收吗

没有明文规定，一般在招标委托书中由双方约定，既可以由委托方承担，也可以由代理机构承担，还可以由中标人承担。审计单位与业主一般是按结算造价的比例支付审计费用，这个系数根据项目不同系数也不同，可以是百分之二或百分之三。另外超出审核造价后百分之五部分按百分之五的审计费由施工方支付。不管哪一级的审计局设计，都不准收取审计费，而事务所审计的审计费用由谁出，按甲、乙双方协商，如果没有协商，那就是谁主张，谁负责费用。如果工程结算审计是由中介机构完成的话，审计费由建设单位支付。如果工程结算审计由国家审计机关审计的话，不需要支付审计费。由合同总承包单位承担工程竣工决算审计费用。