一、船舶抵押权人可以约定实现抵押权的情形

《中华人民共和国民法典》第三百八十六条

【担保物权的定义】担保物权人在债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现担保物权的情形，依法享有就担保财产优先受偿的权利，但是法律另有规定的除外。船舶抵押权人可以和抵押人约定除了“债务人不履行到期债务”以外的实现抵押权的情形，如约定当债务人有其他的违约行为或经营不善将影响到债务人的履约能力时、显著的船舶市场行情下降将影响船舶抵押权实现的额度、显著的船况下降将使船舶出现优先权和船舶留置权的可能性增加等情形出现时，船舶抵押权人可以实现债权。这更加有利于保护船舶抵押权人。

二、船舶抵押权人可以放弃抵押权或者抵押权的顺位

《中华人民共和国民法典》第四百零九条

【抵押权及其顺位的处分】抵押权人可以放弃抵押权或者抵押权的顺位。抵押权人与抵押人可以协议变更抵押权顺位以及被担保的债权数额等内容。但是，抵押权的变更未经其他抵押权人书面同意的，不得对其他抵押权人产生不利影响。

三、船舶抵押权人可以约定主债权转让的，船舶抵押权不一并转让

《中华人民共和国民法典》第四百零七条

【抵押权处分的从属性】抵押权不得与债权分离而单独转让或者作为其他债权的担保。债权转让的，担保该债权的抵押权一并转让，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。从该条的表述理解，船舶抵押权人可以和船舶抵押人约定主债权转让的，船舶抵押权不一并转让，但不能约定抵押权与主债权分离而单独转让或者将船舶抵押权作为其他债权的担保。当债务人履约能力和资信较好并且抵押人和债务人为同一人或者具有关联关系的情况下，抵押权不与主债权一并转让是可能实现的。未与主债权一并转让的抵押权可以作为其他债权的担保，通常是原债务人或者是原抵押人与原债权人之间的其他债权。

四、船舶抵押权人可以行使撤销权

《中华人民共和国民法典》第四百一十条

【抵押权的实现】债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，抵押权人可以与抵押人协议以抵押财产折价或者以拍卖、变卖该抵押财产所得的价款优先受偿。协议损害其他债权人利益的，其他债权人可以请求人民法院撤销该协议。抵押权人与抵押人未就抵押权实现方式达成协议的，抵押权人可以请求人民法院拍卖、变卖抵押财产。如果一船舶上存在着两个或者两个以上的抵押权，船舶抵押权人与抵押人协议约定实现抵押权可能会损害优先顺位抵押权人的利益。因此受损害的船舶抵押权人就可以通过行使撤销权来保护自己的利益。