公司章程将登记备案和对外公示，对其他社会公众具有一定的依赖利益，是他人了解公司的基本依据。但股东协议仍是一个特殊的合同，只要是股东们真实意识的表示，其仍可通过另签新的合同来否定公司章程中原来的约定。公司章程是对外有公示性的法律文件，股东协议是内部约定，不对外公示，除了股东之外，公司以外的其他人并不知道协议的具体内容，股东协议并不具有“对外”效力。

（一）如涉及公司“外部”问题时

如果是涉及股东与第三人之间的事项时，因属于“外部”问题，外部人员难以知晓公司内部事情，基于对外部第三人的保护，应适用经过登记公示的公司章程，而不能适用股东协议来处理。

（二）如涉及公司“内部”问题时

如果是涉及到股东之间或公司内部事项时，因属于“内部”问题，应当根据实际情况进行区分，原则上以股东的真实意思为准。哪个约定最“新”即出台时间较晚，就应当适用哪个来处理。如就“分红比例”而言，公司章程规定按实缴出资比例分配，而股东协议却约定按出资比例分配的话。如果股东协议签订的时间比公司章程早一些，那么就应适用公司章程中的规定，反之，就应适用股东协议来处理。

签股东合作协议的注意事项

１、首先要审查股东资格由于全体股东要对发起设立公司的行为承担连带责任，所以一定要审查好股东的资格，包括股东的人品、能力、家庭情况、资产情况、有无对外大额债务等。并且对股东的身份证明最好进行备份。

２、要明确出资额及出资方式根据《公司法》的相关规定，股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。而且，全部股东的货币出资金额不得低于有限责任公司注册资本的百分之三十。所以，一定要明确股东的出资方式和金额。如涉及以土地使用权及房产作为出资方式，出让方应当保证所拥有的土地使用权及房屋所有权均系经合法方式取得，并合法拥有，可以被依法自由转让。

３、要明确约定出资的时间及财产权的转移手续等问题由于现在时常会出现股东出资不实或拖延出资的情况，所以，在签订出资协议时，要明确约定出资的时间，因为股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。以及要明确约定货币出资、非货币财产出资的财产权的转移问题，如股东以货币出资的，应将货币出资足额存入公司在银行开设的账户；若以非货币财产出资的，则应当依法办理其财产权的转移手续。需要办理所有权或使用权转让登记手续的依法办理登记手续。并且股东缴纳出资后，必须经依法设立的验资机构验资并出具证明。