撤销申请人向国家工商行政管理总局商标局申请撤销连续三年停止使用注册商标有两种方式，即直接向商标局递交《撤销连续三年停止使用注册商标申请书》及其它相关材料或者委托国家认可的具有商标代理资格的中介组织代理申请。在中国没有经常居所或者营业所的外国人或者外国企业，必须委托商标代理组织代理。商标局收到撤销申请文件后首先进行形式审查。申请手续不齐备或者未按照规定填写申请文件的，商标局不予受理，向申请人发出《不予受理通知书》;申请手续基本齐备或者申请文件基本符合规定，但是需要补正的，商标局向申请人发出《撤销申请补正通知书》，要求限期补正，期满未补正的，视为放弃申请，商标局书面通知申请人;申请手续齐备且申请文件的填写符合规定的，商标局予以受理，向申请人发出《撤销申请受理通知书》，并向被申请商标的注册人发出《关于提供注册商标使用证据的通知》，要求其在两个月内提交在所要求的连续三年期限内使用该商标的证据材料或者说明不使用的正当理由。期满不提供使用证据材料或者证据材料无效并没有正当理由的，由商标局撤销其注册商标。

如果注册人在规定期限内提交了答辩材料及使用证据材料，商标局依法对该证据材料进行审查。如果证据充分，能够证明该商标在该三年内的使用情况，商标局做出维持该商标继续有效的决定;如果证据不充分，则依法撤销该该注册商标。

一、被撤三的商标续展手续怎么办理

注册商标成为其核定使用的商品的通用名称或者没有正当理由连续三年不使用的，任何单位或者个人可以向商标局申请撤销该注册商标。商标局应当自收到申请之日起九个月内做出决定。有特殊情况需要延长的，经国务院工商行政管理部门批准，可以延长三个月。撤三年答辩是商标法赋予当事人的法定权利，同时也是当事人向商标局证明其商标存在使用事实的唯一途径。

当然，并不是所有无使用的注册商标被提起连续三年遏制使用撤销程序后都会被撤销。如果注册人可以说明该商标不使用的正当理由，该商标可以被继续有效。