一、协议的合法性;

目前，司法解释认可了一般情况下代持协议的合法性，但是如果违反了法律的强制性规定，则协议仍将被视作无效。

比如：公务人员违反《公务员法》等有关规定，以股权代持的形式经商的;外商为了规避外资准入政策，通过与大陆企业或个人签订股权代持协议，以隐名股东的身份投资法律禁止或限制类行业的。

二、条款约定不明;

目标公司的股权在未来存在多种变化的可能性，代持协议应当预见到这些可能发生的变化，并作出相应的约定。

比如：代持股权的比例并非一成不变，公司未来的增资扩股将导致股权比例的稀释，故在协议中仅约定股权比例是不恰当的;某些公司会根据融资需要搭建境外架构，通过协议控制方式，将实际利益转移到境外的控股公司，如果代持协议没有预见到这种情形，则实际出资人的利益将很难得到保障。

三、实际出资人难以确立股东身份的风险;

虽然司法解释肯定了股权代持协议的效力，但是投资权益并不等同于股东权益，投资权益只能向名义股东(代持人)主张，而不能直接向公司主张，存在一定的局限性。

实际出资人想从幕后走到台前，成为法律认可的股东，光凭一纸代持协议是不够的。根据司法解释，必须经过公司半数以上股东同意，实际出资人方可向法院请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记。

四、名义股东侵害实际出资人利益的风险;

在一般的股权代持关系中，实际出资人在幕后，名义股东则在台前代为行使股东权利，面对各种诱惑，很可能出现名义股东侵害实际出资人利益的情形。

比如：名义股东不向实际投资人转交资产收益，滥用股东权利(重大决策事项未经协商)，擅自处置股权(转让、质押)等等。

五、名义股东的风险;

以上几点，均反映了实际投资人的种种风险，以此看来，似乎名义股东在双方的法律关系中占尽主动，高枕无忧——毕竟，股权在我手中我怕谁?

但是情况并非如此，名义股东的风险有时并不比实际出资人小。比如：当实际投资人未履行出资义务时，若债权人追索，则名义股东需要在承诺的出资范围内承担补缴出资的义务，而不能以其不是实际投资人为由拒绝承担责任。

六、未来股权转让的税务风险;

当然，如果实际出资人和名义股东各司其职良好合作，以上风险也许都能避免。但是代持协议还有一个绕不开的问题——即未来股权转让的税务风险。

当条件成熟、实际出资人准备解除代持协议时，税务问题就随之而来——从外观上看，实际出资人是从名义股东那里受让了股权，当然需要缴税!通常，税务机关对于当事人辩称因为股权代持关系，并未发生股权转让的说法并不认可，要求按照公允价值计算缴税。