分公司若办理了税务登记，则其为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税。若经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，未办理税务登记，则由总机构汇总缴纳增值税。

《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。因此分公司若办理了税务登记，则其为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税。若经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，未办理税务登记，则由总机构汇总缴纳增值税。