总分公司根据自己订立的的合同性质的凭证分别缴纳印花税。如果分公司有在工商部门注册的营业执照的情况下，就可以独立从事民事生产经营活动，原则上是可以独立对外签订合同的，因此，有独立的合同，就要和总公司分开，独立缴纳印花税。

《国家税务总局关于企业集团内部使用的有关凭证征收印花百税问题的通知》

第一条

对于企业集团内具有平等法律地位的主体之间自愿订立、明确双方购销关系、据以供货和结算、问具有合同性质的凭证,应按答规定征收印花税。对于企业集团内部执行计划使用的、不具有合同性质的凭专证,不征收印花税。根据上述规定,分公司与分公司之间签订的具有合同性质的凭证,应当按规定缴纳印属花税。