如果是在法庭辩论终结前原告申请撤诉，虽然被告不同意的，法院一般情况下仍应该准许撤诉。如果在法庭辩论终结后，法院宣判之前原告申请撤诉，被告不同意的，人民法院可以不予准许，具体是否准许撤诉要由法院根据情况来裁定。

检察院撤诉后如何结案

对于撤回起诉的案件，人民检察院应当在撤回起诉后七日内作出不起诉决定，或者书面说明理由将案卷退回侦查机关（部门）处理，并提出重新侦查或者撤销案件的建议。对于退回侦查机关（部门）提出重新侦查意见的案件，人民检察院应当及时督促侦查机关（部门）作出撤销、解除或者变更强制措施的决定。对于退回侦查机关（部门）提出撤销案件意见的案件，人民检察院应当及时督促侦查机关（部门）作出撤销强制措施的决定，依法处理对财物的扣押、冻结。

《最高人民法院关于适用中华人民共和国民事诉讼法的解释》第二百三十八条当事人申请撤诉或者依法可以按撤诉处理的案件，如果当事人有违反法律的行为需要依法处理的，人民法院可以不准许撤诉或者不按撤诉处理。法庭辩论终结后原告申请撤诉，被告不同意的，人民法院可以不予准许。