法院执行庭执行调解协议不公，偏袒被告，可以通过以下方式投诉：

1、到原审人民法院的上级法院申请再审。

2、到原审人民法院的上级人民检察院要求抗诉。

3、到原审人民法院同级的人大申诉。

4、向当地纪检监察部门举报。

在执行过程中的协议不具有法律约束力。你完全可以不接受他们的调解协议，可以要求按原判决或者调解书执行。

如果法官在执行过程中不公正，你可以向本院的领导反映，要求更换执行员，这是最简便的方法。

如果领导也同样偏袒被执行人，你可以依照《民事诉讼法》第二百零三条向上级法院申请执行。