可以推翻，劳动行政部门的工伤认定结论是具体的行政行为，《工伤保险条例》第五十五条、《行政复议法》第九条、《行政诉讼法》第四十五条、第四十六条规定，用人单位或者工伤职工及其近亲属对劳动行政部门工伤认定结论不服，应当在工伤认定书送达之日起60日内向上一级劳动行政部门申请行政复议，或者在六个月内提起行政诉讼。

用人单位或者工伤职工及其近亲属对经过行政复议已经发生法律效力的复议决定不服，应当在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起行政诉讼。

用人单位或者工伤职工及其近亲属对经过人民法院判决、裁定，已经发生法律效力工伤认定结论，认为确有错误的，可以申请再审。但不停止判决、裁定的执行。

在企业申请工伤认定被推翻了怎么办？

工伤认定结论只有通过国家职能部门才可能推翻，用人单位不能推翻。对工伤认定结论不服的，有关单位或者个人可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院提起行政诉讼。社会保险行政部门应当自受理工伤认定申请之日起60日内作出工伤认定的决定。

《行政诉讼法》第五十五条，有下列情形之一的，有关单位或者个人可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院提起行政诉讼：

（一）申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定申请不予受理的决定不服的；

（二）申请工伤认定的职工或者其近亲属、该职工所在单位对工伤认定结论不服的；

（三）用人单位对经办机构确定的单位缴费费率不服的；

（四）签订服务协议的医疗机构、辅助器具配置机构认为经办机构未履行有关协议或者规定的；

（五）工伤职工或者其近亲属对经办机构核定的工伤保险待遇有异议的。