新的税务风险管理制度可能会影响企业原有管理格局和决策程序。因为按照《大企业税务风险管理指引》（以下简称《指引》）的要求，在全新的税务风险管理制度下，企业要重新分配有关各部门及人员的责任、权力、利益。譬如，税务控制程序的介入有可能会降低销售、采购人员的业务操作灵活性，对其权力是一种限制。新制度对传统的税务管理操作方式必然形成冲击和挑战，有可能在其实施初期遭遇企业的抵触，从而在企业内部产生阻力。

不过这种早期的阻力是暂时的，关键在于税务机关的引导和企业税务部门与其他部门的沟通和协调。

任何新生事物在出现之初都会面临困难，关键是要分析利弊，着眼长远。企业应抓住《指引》出台的重要契机，重视税务风险管理制度给企业及其投资人带来的长期战略性利益，根据企业自身的特点，循序渐进地建立符合自己情况的税务风险控制和管理制度，通过消解税务风险为企业创造看得见、摸得着的税务价值。

相关链接：解读税务风险管理指引的六大关键词