在涉及诽谤罪的自诉案件中，被告人是否会遭受司法机关的强制羁押，主要是根据个案的具体情节与法院依法作出的裁定来决定。

如果被告人的侵权行为已经达到恶劣程度，法院经审理后认定其对公共安全存在重大威胁，那么便有可能依法签发拘役或是逮捕状。

通常情况下，只要有充足的证据显示被告人确有违法事实，并且被告人有可能逃脱法律制裁或继续对社会造成不良影响，那么司法机关就会采取相应的强制措施，包括但不限于实施逮捕行动。

《中华人民共和国刑法》第二百四十六条

【侮辱罪、诽谤罪】以暴力或者其他方法公然侮辱他人或者捏造事实诽谤他人，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。

前款罪，告诉的才处理，但是严重危害社会秩序和国家利益的除外。

通过信息网络实施第一款规定的行为，被害人向人民法院告诉，但提供证据确有困难的，人民法院可以要求公安机关提供协助。