1、参保对象不同：农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民2、保障期限不同：农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇3、报销比例不同：农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高4、有无个人医保账户：农村合作医疗保险是没有个人医保账户的，社保中的医疗保险有个人医保账户。

城镇医疗保险和农村医疗保险的待遇区别：

城镇医疗保险分为城镇职工医疗保险和城镇居发医疗保险。城镇职工医疗保险是由职工所在单位和职工个人两方共同承担，城镇居民医疗保险是由城镇居民个人承担。

户口在农村，可以在户籍所在地参加农村合作医疗和农村养老保险。但医疗保险是不能转移的，养老保险可以转移。医保待遇上没什么大的区别，农村相对来说更合适，因为国家财政有专项资金来补贴，所以缴的钱比较少，但待遇不比城镇的差；而养老保险相对来说城镇的比农村的就高多了。

《中华人民共和国社会保险法》第二十三条职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。《中华人民共和国社会保险法》第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。《中华人民共和国社会保险法》第二十五条国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。