1、在合同中约定了仲裁地点但没有约定仲裁机构，或虽然有约定，但约定的仲裁机构名称的方式、术语不规范。如：“发生争议在合同签订地（履行地）仲裁解决”、“在争议所在地仲裁解决”、“争议由本市仲裁机关仲裁”、“争议由本市有关部门仲裁”、“争议在当地仲裁委员会仲裁”、“争议由市经济合同仲裁委员会仲裁”等。以上这些约定，在纠纷发生后，申请仲裁时，会被认为约定不明确而不予受理仲裁申请。

2、在合同中同时约定两个仲裁机构。如有的合同中约定：“争议可提交A市有关仲裁机构仲裁或B市有关仲裁机构仲裁”。这样的约定，往往在纠纷发生时双方当事人会就申请何地仲裁机构仲裁发生分歧，此时根据新仲裁法解释第五条之规定：仲裁协议约定两个以上仲裁机构的，当事人可以协议选择其中的一个仲裁机构申请仲裁；当事人不能就仲裁机构选择达成一致的，仲裁协议无效。可以说，这样的约定不仅没有达到简便快捷地解决纠纷的目的，反而增加了不少麻烦。

3、在合同中既约定仲裁，又约定诉讼。如有的合同中约定：“发生争议可向合同履行地（签订地）仲裁机关申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉”、“争议由合同履行地仲裁机关仲裁，对仲裁不服，向人民法院起诉”等。根据我国仲裁法及仲裁法解释的规定，由于这种协议既约定了仲裁又约定了诉讼，违反了仲裁的惟一性和终局性，会被仲裁机构认定为无效约定，其仲裁申请不被受理。

合同约定仲裁条款能否申请支付令

合同约定了仲裁条款的，不影响当事人向法院申请支付令，申请支付令不是民事诉讼程序。

《中华人民共和国民事诉讼法》

第二百一十四条申请支付令条件

债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：（一）债权人与债务人没有其他债务纠纷的；（二）支付令能够送达债务人的。申请书应当写明请求给付金钱或者有价证券的数量和所根据的事实、证据。

第二百一十五条受理支付令申请

债权人提出申请后，人民法院应当在五日内通知债权人是否受理。